Graças à ação preventiva exercida na operação de seu sistema hidráulico, a EMAE impede que áreas localizadas no vale do Rio Pinheiros sofram com as constantes inundações a que estariam sujeitas nas épocas das grandes chuvas, além de contribuir através de seus reservatórios para o amortecimento das cheias. A operação do controle de cheias tem como objetivo atenuar e encaminhar as ondas de cheias afluentes aos vários pontos do sistema, reduzindo os riscos de inundação.

Esse esquema de operação inclui: a antecipação da abertura total das comportas da Barragem Edgard de Souza, dando escoamento natural às águas do Tietê; a separação das bacias dos rios Pinheiros e do Tietê por meio do fechamento da Estrutura de Retiro; o acionamento das estações de bombeamento de Traição e Pedreira para controle do nível de água no Canal Pinheiros e a utilização dos volumes de espera nos reservatórios Billings, Guarapiranga, Pedras e Pirapora para atenuar as ondas de cheias de suas próprias bacias e minimizar o risco de inundação a jusante, nos rios Pinheiros, Tietê e Cubatão.