A EMAE – Empresa Metropolitana de Águas e Energia S.A. tem suas origens em 1899 com a fundação da The São Paulo Railway, Light and Power Company Limited, em Toronto, Canadá, e com o decreto nº 3.349, assinado pelo então Presidente da República, Campos Salles, que autorizou a empresa a funcionar no Brasil.
Em 1901, entrava em operação a primeira hidroelétrica da Light no Brasil e a maior brasileira até então, a Usina de Parnaíba, com 2 MW de capacidade. Em 1912, para manter o suprimento de energia, sua capacidade foi ampliada para 16 MW. Nesse mesmo ano, começava a funcionar uma usina termoelétrica a vapor na rua Paula Souza, em São Paulo.
Em razão do grande consumo de água exigido pelas turbinas da Usina de Parnaíba, a Light precisava regularizar a vazão do rio Tietê. A solução encontrada foi a implantação de uma represa em um dos afluentes do rio Pinheiros, o rio Guarapiranga, conhecido como Embu-Guaçu. Assim, foi construído o reservatório Guarapiranga, entrando em operação em 1908.
Entre os anos de 1924 e 1925, uma forte estiagem reduziu a capacidade de vazão dos rios. São Paulo era palco de um rápido crescimento industrial e, consequentemente, da demanda de eletricidade. A situação vivida em 1924 provocou a redução de, aproximadamente, 30% do fornecimento de energia elétrica. Ainda nesse ano, foram instaladas mais duas unidades na Usina Paula Souza, elevando sua capacidade. Foi também construída em prazo recorde (sete meses) a Usina Hidroelétrica de Rasgão, entre Pirapora e Cabreúva, que entrou em operação em 1925.
Desde 1923, o engenheiro Asa White Kenney Billings estudava a implantação do “Projeto da Serra”, que visava a geração de energia elétrica aproveitando o desnível da Serra do Mar. Assim, em 1926, entrava em operação a primeira unidade geradora da Usina de Cubatão, hoje chamada de Henry Borden. Em 1927, foi adquirida, ainda em fase de construção, a Usina Porto Góes, inaugurada em 1928, com capacidade de 11 MW.
A partir década de 1930, para o aumento da capacidade de geração da Usina Henry Borden, foram realizadas as obras de retificação e reversão do rio Pinheiros, a formação do reservatório Billings, a construção das usinas elevatórias de Pedreira e de Traição e da barragem reguladora Billings-Pedras. Foi construída no rio Tietê a barragem de Pirapora, formando o reservatório de Pirapora. Na confluência dos rios Pinheiros e Tietê foi construída a Estrutura de Retiro com a finalidade de separar as águas dos rios em caso de cheias. O reservatório Guarapiranga deixou de ter a função de regular a vazão do rio Tietê e passou a ser usado para o abastecimento de água e o controle de cheia de sua própria bacia. Todos esses avanços propiciaram a ampliação da capacidade da usina Henry Borden que, com a entrada em operação da seção subterrânea, em 1956, atingiu 880 MW de capacidade instalada.
Em 1954, foi inaugurada a Usina Termoelétrica Piratininga, dotando o parque gerador, até então quase que exclusivamente hidráulico, de uma importante fonte energética complementar de alta garantia. Em 1960, com a inauguração de mais duas unidades geradoras, a Usina Termoelétrica Piratininga passou a totalizar 472 MW de capacidade instalada.
Em 1956, a companhia reestruturou-se tendo por base a Brascan Limited e foi nacionalizada com a publicação do Decreto Federal nº 40.440, de 28/11/56. Em 1979, o governo brasileiro, por meio da Eletrobras, adquiriu da Brascan o controle acionário da então LIGHT – Serviços de Eletricidade S.A.. Em 1981, o Governo do Estado de São Paulo adquiriu parte do sistema da Light, constituindo a Eletropaulo – Eletricidade de São Paulo S.A., autorizada pelo Decreto Federal nº 85.839, de 24/03/81 a funcionar como concessionária de serviços públicos de energia elétrica, com a finalidade básica de assumir a operação dos sistemas de geração, transmissão e distribuição nos municípios de concessão da Light no Estado de São Paulo.
Em 05 de Julho de 1996, foi promulgada a Lei Estadual nº 9.361, que criou o Programa Estadual de Desestatização – PED, dispondo sobre a Reestruturação Societária e Patrimonial do Setor Energético Paulista. Nos termos da referida Lei foi aprovada a cisão parcial da Eletropaulo, a ser efetivada mediante a transferência de parcelas do seu patrimônio para quatro novas sociedades constituídas para esse fim, dentre as quais a EMAE – Empresa Metropolitana de Águas e Energia S.A..
Com a cisão, coube a EMAE exercer as operações de geração de energia elétrica antes conduzidas pela Eletropaulo. A Resolução nº 72, de 25/03/98, da Agência Nacional de Energia Elétrica – ANEEL, transferiu para a EMAE os direitos de exploração de Serviços Públicos de Energia Elétrica.
Em 2008, a Usina Termoelétrica Piratininga foi arrendada para a BSE – Baixada Santista Energia, subsidiária integral da Petrobras.
Atualmente, a EMAE é detentora e operadora de um sistema hidráulico e gerador de energia elétrica, localizado na Região Metropolitana de São Paulo, Baixada Santista e Médio Tietê. Esse sistema é constituído de reservatórios, canais, usinas e estruturas associadas, cuja principal característica é a de exigir uma operação voltada para o aproveitamento racional das águas superficiais e a busca pelo aproveitamento múltiplo dos recursos hídricos disponíveis, integrando, dessa forma, a geração de energia, o controle de cheias e o fornecimento de água bruta para o abastecimento público.
Com o objetivo de ampliar o parque gerador da empresa, a partir de estudos para avaliar o potencial energético remanescente no rio Tietê, foi identificada a possibilidade de construção de uma Pequena Central Hidroelétrica – PCH junto a Barragem de Pirapora, já pertencente a EMAE. Para tanto, foi constituída, em 22 de dezembro de 2010, a Sociedade de Propósito Específico Pirapora Energia S.A., subsidiária integral da EMAE, para administrar, construir, planejar, operar, manter e comercializar a energia produzida pela PCH Pirapora, que entrou em operação no início de 2015.
Em 19 de abril de 2024, o governo do Estado de São Paulo realizou a sessão pública de leilão da alienação de ações do capital social da companhia na B3. Num total de 57 lances, o fundo de investimento Phoenix FIP Multiestratégica foi o vencedor.
A transferência de controle foi anuída previamente pela Agência Nacional de Energia Elétrica (ANEEL), por meio do Despacho nº 2.379, publicado no Diário Oficial da União (DOU) em 23 de agosto do mesmo ano, e aprovada sem restrições pelo Conselho Administrativo de Defesa Econômica (CADE).
No dia 2 de outubro de 2024, a transação se torna efetiva, transferindo o controle acionário da empresa para a Phoenix Água e Energia S.A.