A operação do sistema hidroenergético da EMAE é feita de forma supervisionada e coordenada pelo Centro de Operação do Sistema – COS, que funciona ininterruptamente, 24 horas por dia, permitindo que as informações de estado de todo o sistema sejam recebidas constantemente, e assim, sejam tomadas as decisões adequadas em cada instante. Para subsidiar as decisões operativas, o COS utiliza dados de postos pluviométricos (chuvas) e fluviométricos (níveis d’água e vazões), informações do radar meteorológico, modelo matemático para previsão de vazão e dados de outras empresas do Sistema Elétrico Interligado Brasileiro. Os procedimentos a serem aplicados nas manobras de operação, tanto hidráulica, quanto elétrica e energética, estão contemplados em instruções de operação específicas para cada caso.