Continuamente coordenada e supervisionada pelo COS – Centro de Operação do Sistema, a operação do sistema hidroenergético da EMAE inclui as usinas hidroelétricas Henry Borden, Porto Góes e Rasgão e as Usinas Termoelétricas Piratininga e Fernando Gasparian, além da operação das estruturas hidráulicas, canais e reservatórios, visando, principalmente, à atenuação das cheias na Região Metropolitana de São Paulo.